"Ale nie depczcie przeszłości ołtarzy Choć macie sami doskonalsze wznieść Na nich sie jeszcze Święty ogień żarzy I miłość ludzka stoi tam na straży I wy winniście im cześć" (A. Asnyk) W 1913 roku Rada Miasta Krakowa podjęła uchwałę o utworzeniu Miejskich Zakładów Sanitarnych, które uruchomiono 1917 roku, na Białym Prądniku, a pierwszym dyrektorem został prof. dr Tomasz Janiszewski.

Rok póżniej stworzono sanatorium grużlicze, które z przerwą 1919-24 funkcjonowało do roku 1934 z dwoma oddziałami dla chorych na grużlicę płuc kobiet i mężczyzn oraz obiektem dla grużlicy kostno-stawowej.

W okresie okupacji Szpital służył niemieckim żołnierzom chorym na grużlicę i płonicę oraz rannym. Po wyzwoleniu powstaje Miejski Szpital m. Krakowa, przekształcony następnie na Miejski Szpital Zakażny W 1948 r., Szpital przyjmuje nazwę Wojewódzkiego Szpitala Specjalistycznego im. dr Anki. W 1949 r. utworzono Oddział Torakochirurgii i przystąpiono do chirurgicznego leczenia płuc. W Szpitalu zmagano się równocześnie z epidemiami grużlicy, heinemedina i dyfterytu.

W 1951 r. przeprowadzono w Szpitalu pierwszą operację kardiochirurgiczną a w 1958 r. operację na otwartym sercu.

W 1957 roku dr Władysław Laszczak wykonał pierwsze cewnikowanie serca. W 1975 roku przeorganizowano Oddział Torakochirurgii na Centrum Torakochirurgii-Kardiochirurgii pod kierunkiem doc. Michała Juszczyńskiego.

W 1977 roku we współpracy z Akademią Medyczną został utworzony w Szpitalu Oddział Kliniki Kardiologii Ogólnej, a w 1979 roku Klinika Chirurgii Serca i Naczyń, Klinika Torakochirurgii, Oddziały Chorób Serca i Naczyń oraz Elektrokardiologii Instytutu

Kardiologii AM. Instytutem od momentu jego utworzenia po dzień dzisiejszy kieruje prof. dr hab. med. Antoni Dziatkowiak. W 1980 roku wprowadzono echokardiografię do rutynowej diagnostyki chorób układu krążenia. W styczniu 1987 roku wprowadzono przezskórną śródnaczyniową angioplastykę tętnic wieńcowych, jako metodę leczenia choroby niedokrwiennej serca. Od 20 pażdziernika 1988 roku rozpoczęto i rozwijano program przeszczepów serca. W 1990 r. z inicjatywy pracowników szpitala dokonano zmiany patrona. Zgodził się nim zostać Ojciec Święty Jan Paweł II. Od 1991 roku dyrektorem Szpitala jest dr n. med. Mieczysław Pasowicz.

9 czerwca 1997 roku w czasie piątej pielgrzymki do Polski, uroczystego poświęcenia Kliniki Kardiochirurgii dokonał Patron Szpitala - Ojciec Święty Jan Paweł II.

18 listopada 1999 roku Szpital został laureatem prestiżowej nagrody nadawanej przez tygodnik Computerworld - Lider Informatyki 1999.