Operacje serca i wielkich naczyń przeprowadzane są u dorosłych, młodzieży i dzieci w pełnym zakresie, w tym unikalne w kraju. Szczególnie ważne miejsce zajmują zabiegi przeszczepiania serca, których od 12 lat wykonano 430.

Unikatowym wydarzeniem w skali światowej było zwieńczone pełnym sukcesem prowadzenie ciąży, porodu i połogu u pacjentki po przeszczepieniu serca.

Ponadto przeprowadzane są zabiegi operacyjne tętniaków aorty wstępującej, łuku i aorty zstępującej, zwłaszcza w trybie pilnym z powodu rozwarstwienia aorty. Do tej pory wykonano ponad 600 takich zabiegów, co stawia ośrodek krakowski na pierwszym miejscu w kraju i na poczesnym miejscu w Europie.

Stale rozwijane i doskonalone są techniki chirurgii wieńcowej; opracowywane wskazania do trombendarterektomii niedrożnych tętnic wieńcowych. Codziennością stały się operacje pomostowania naczyń wieńcowych u chorych z niską frakcją wyrzutową lewej komory serca (poniżej 20 % ), zabiegi na bijącym sercu bez użycia krążenia pozaustrojowego, zabiegi z małego dostępu oraz alternatywne metody leczenia jak rewaskularyzacja laserowa nasierdziowa oraz endokawitarna przezskórna. Prowadzi się operacyjne leczenie pozawałowych tętniaków serca wg własnych wskazań i modyfikacji techniki plastyki lewej komory serca. Od 1996 r. do praktyki klinicznej wprowadzono dynamiczną kardiomyoplastykę z zastosowaniem mięśnia szkieletowego. Z roku na rok rośnie liczba chorych operowanych z powodu krytycznego zwężenia tętnic szyjnych jako izolowanej zmiany lub w połączeniu z pomostowaniem tętnic wieńcowych. Wzrasta też liczba operacji tętniaków aorty brzusznej, zwężenia tętnic nerkowych i niedrożności udowo-podkolanowej.

Zakład Hemodynamiki i Kardiologii interwencyjnej wykonuje obecnie 6 tys. zabiegów rocznie. Dzięki nowoczesnej aparaturze przeprowadzane są inwazyjne zabiegi na naczyniach wieńcowych i innych (angioplastyka balonowa, stentowanie, rotablacja, endokawitarna rewaskularyzacja laserowa. Spiralna tomografia komputerowa z obrazowaniem Virtuoso pozwala na szybką i pełną diagnostykę rozwarstwienia aorty oraz skrócenie czasu upływającego do momentu operacji. W listopadzie 1999 r wprowadzono w Klinice i Zakładzie Hemodynamiki i Kardiologii Interwencyjnej 24 godzinny dyżur dla natychmiastowej diagnostyki i terapii ostrych stanów kardiologicznych. Po roku porównano wyniki: obniżono o ok. 30 % liczbę zgonów z powodu zawału serca i o tyle samo obniżono koszty leczenia i rehabilitacji niestabilnej choroby wieńcowej.

W okresie 20 lat istnienia Kliniki wypracowano własną metodę kompleksowej rehabilitacji około i pooperacyjnej w warunkach szpitalnych i sanatoryjnych w ścisłej współpracy z Kardiologicznymi Szpitalami Uzdrowiskowymi w Rabce, Busku Zdroju, Rymanowie i Nałęczowie.

Z roku na rok wzrasta liczba pacjentów zagranicznych (Anglia, Francja, Ukraina, Stany Zjednoczone Ameryki Północnej) operowanych w tutejszej Klinice.